Điểm chính yếu khác nhau thứ nhất giữa Chuỗi Kinh Mân Côi và Chuỗi Kinh Thương Xót đó là về nguồn gốc của hai chuỗi kinh này. Căn cứ vào lịch sử anh Tĩnh đã cho biết rằng:

Chuỗi Kinh Mân Côi, theo truyền thống, như trong cuốn Bí Mật Kinh Mân Côi của Thánh Louis Montfort thuật lại ở Bông Hồng 2 và 3, được Đức Mẹ trao cho Thánh Đaminh từ thế kỷ thứ 13, khi vị linh mục Tây Ban Nha sáng lập Dòng Các Nhà Thuyết Giáo (O.P. - Order of Preachers), cũng gọi là Dòng Đaminh, này đang ẩn mình chay tịnh phạt xác cầu nguyện ở một khu rừng thuộc thành Toulouse nước Pháp vì tội lỗi tràn lan đã gây ngăn trở cho việc hoán cải bè rối Albigensê ở Miền Nam nước Pháp. Chuỗi Kinh Mân Côi lại càng trở nên phổ thông hơn bao giờ hết sau Biến Cố Thánh Mẫu Fatima 1917, thời điểm đang diễn ra thế chiến thứ nhất (1914-1918), khi Mẹ Maria mỗi lần hiện ra vào ngày 13 trong tháng, từ Tháng 5 tới Tháng 10, đều lập đi lập lại cùng một lời kêu gọi "hãy cầu kinh Mân Côi hằng ngày" cho hòa bình thế giới.

Còn Chuỗi Kinh Thương Xót được xuất phát từ Nhật Ký của Chị Thánh Faustina, vị sứ giả của Lòng Thương Xót Chúa, được Chúa Giêsu dạy đọc "để làm nguôi cơn thịnh nộ của Cha" (Nhật Ký, 476). Chuỗi Kinh Thương Xót đã được Chị Thánh Faustina sử dụng thường để cầu cho các linh hồn hấp hối (Nhật Ký 810, 811, 1035, 1565, 1798), thậm chí cầu xin được bất cứ ơn gì, như Chúa hứa (Nhật Ký 1541), điển hình nhất là trường hợp Chị Thánh khi thấy hạn hán nóng bức dữ dội đã xin được Chúa cho mưa xuống bằng chuỗi kinh này (Nhật Ký 1128).

Điểm chính yếu khác nhau thứ hai giữa Chuỗi Kinh Mân Côi và Chuỗi Kinh Thương Xót đó là về cấu trúc của hai chuỗi kinh này. Theo anh Tĩnh nhận định thì:

Chuỗi Kinh Mân Côi là một kinh nguyện bao gồm cả khẩu nguyện lẫn tâm nguyện. Khẩu nguyện nơi Chuỗi Kinh Mân Côi chính yếu là 10 Kinh Kính Mừng ở mỗi chục kinh. Tâm nguyện của Chuỗi Kinh Mân Côi là các Mầu Nhiệm Mân Côi, tức các mầu nhiệm về Chúa Kitô. Trong Chuỗi Kinh Mân Côi, thì Mầu Nhiệm Mân Côi, Mầu Nhiệm về Chúa Kitrô, theo Đức Phaolô VI trong Tông Huấn Marialis Cultus - Sùng Kính Mẹ Maria (số 47), hồn sống của chuỗi kinh này, bằng không, lần chuỗi này mà không suy ngắm Mầu Nhiệm Mân Côi sẽ chẳng khác gì như xác vô hồn. Còn Chuỗi Kinh Thương Xót hoàn toàn chỉ là khẩu nguyện, không có phần tâm nguyện bao gồm các mầu nhiệm về Chúa Kitô như nơi Chuỗi Kinh Mân Côi. Tuy nhiên, nội dung của kinh nguyện làm nên Chuỗi Kinh Thương Xót này phải nói là tột đỉnh của Mầu Nhiệm Mân Côi, Mầu Nhiệm về Chúa Kitô, vì từng chục kinh cứ lập đi lập lại 10 lần "cuộc khổ nạn của Chúa Giêsu Kitô" là biến cố chính yếu tối hậu Người "hiến mạng sống mình cho nhiều người được cứu rỗi" (Mt 20:28).

Chưa hết, cấu trúc của Chuỗi Kinh Mân Côi và Chuỗi Kinh Thương Xót còn khác nhau ở phần mở đầu của hai chuỗi kinh này. Ở chỗ, trong khi Chuỗi Kinh Mân Côi được thứ tự mở đầu bằng 1 Kinh Tin Kính, 1 Kinh Lạy Cha, 3 Kinh Kính Mừng và 1 Kinh Sáng Danh, thì Chuỗi Kinh Thương Xót được mở đầu, theo thứ tự, trước hết là Kinh Lạy Cha, sau đó là Kinh Kính Mừng và sau hết là Kinh Tin Kính. Như thế, dường như có cái gì đó hoàn toàn ngược nhau ở phần mở đầu của hai chuỗi kinh này, nhất là căn cứ vào Kinh Tin Kính, một kinh ở ngay đầu Chuỗi Kinh Mân Côi mà lại ở cuối của phần mở đầu Chuỗi Kinh Thương Xót. Tại sao có sự khác nhau đến ngược nhau như thế trong phần mở đầu của hai chuỗi kinh này? Để biết được nguyên nhân sâu xa của nó, chúng ta cần phải xét đến tính chất khác nhau về trọng tâm của hai chuỗi kinh này.

Điểm chính yếu khác nhau thứ ba giữa Chuỗi Kinh Mân Côi và Chuỗi Kinh Thương Xót đó là về trọng tâm của hai chuỗi kinh này. Anh Tĩnh đã suy diễn như thế này:

Thật vậy, nếu để ý chúng ta sẽ thấy trọng tâm của Chuỗi Kinh Mân Côi là Chúa Kitô, và trọng tâm của Chuỗi Kinh Thương Xót là Chúa Cha. Chúa Kitô là trọng tâm của Chuỗi Kinh Mân Côi là vì Chuỗi Kinh Mân Côi như một cái xác vô hồn nếu thiếu Mầu Nhiệm Mân Côi, Mầu Nhiệm về Chúa Kitô. Và Chúa Cha là trọng tâm của Chuỗi Kinh Thương Xót là vì Chuỗi Kinh Thương Xót sẽ chẳng còn ý nghĩa và giá trị gì nữa nếu không hướng về Chúa Cha, Đấng "đã yêu thương thế gian đến ban Con Một mình để ai tin vào Người sẽ không phải chết nhưng được sự sống đời đời" (Jn 3:16), và cũng là Đấng "đã không dung tha cho Con Một mình, một phó nạp Người vì tất cả chúng ta thì Ngài còn tiếc gì với chúng ta" (Rm 8:32). Chính vì Chúa Cha là trọng tâm của Chuỗi Kinh Thương Xót mà Chuỗi Kinh Thương Xót mới được bắt đầu bằng Kinh Lạy Cha, chứ không phải Kinh Tin Kính là kinh mở đầu Chuỗi Kinh Mân Côi. Sau Kinh Lạy Cha mở đầu Chuỗi Kinh Thương Xót là Kinh Kính Mừng, rồi mới tới Kinh Tin Kính, tức Kinh Kính Mừng còn đứng trước cả Kinh Tin Kính trong phần mở đầu Chuỗi Kinh Thương Xót. Tại sao có sự sắp xếp như vậy trong phần mở đầu của Chuỗi Kinh Thương Xót? Kinh Lạy Cha mở đầu có thể hiểu được, nhưng Kinh Kính Mừng lại đứng trước cả Kinh Tin Kính, có vẻ quan trọng hơn Kinh Tin Kính ở đây nghĩa là gì?

Ở đây chúng ta nên nhớ hai điều: trước hết, ở Chuỗi Kinh Mân Côi, tuy khẩu nguyện là Kinh Kính Mừng, một kinh trực tiếp liên quan đến Mẹ Maria và về Mẹ Maria, nhưng vì trọng tâm của Chuỗi Kinh Mân Côi là Chúa Kitô nên việc lần Chuỗi Kinh Mân Côi chẳng qua là việc cùng Mẹ Maria chiêm ngưỡng dung nhan Chúa Kitô (Tông Thư Kinh Mân Côi Trinh Nữ Maria, đoạn 3; Tông Huấn Marialis Cultus, đoạn 47), sau nữa, ở Chuỗi Kinh Thương Xót, ngược lại, không hề có Mẹ Maria một tí nào khi lần từng chục kinh, ngoại trừ Kinh Kính Mừng duy nhất ở phần mở đầu. Đó là lý do Kinh Kính Mừng này cần phải được sắp xếp ngay sau Kinh Lạy Cha và trước Kinh Tin Kính. Lý do là vì, căn cứ vào câu mở đầu của từng chục kinh: "Lạy Cha hằng hữu, con xin dâng lên Cha mình và máu, linh hồn và thiên tính của Con rất yêu dấu Cha là Đức Giêsu Kitô Chúa chúng con, để đền bù tội lỗi chúng con và toàn thế giới", chúng ta thấy một Chúa Kitô có hai bản tính, thần tính cũng gọi là thiên tính và nhân tính (bao gồm mình và máu cùng linh hồn của Người). Mà mình vá máu thuộc nhân tính của Người được xuất phát từ Mẹ Maria đầy ơn phúc, một đệ nhất tạo vật về ân sủng được Chúa Cha ở cùng và được Quyền năng Đấng Tối Cao là Thánh Thần bao phủ, để nhờ đó có thể thụ thai và hạ sinh Con Đấng Tối Cao (x Lk 1:35,32).

Kinh Tin Kính ở cuối phần mở đầu Chuỗi Kinh Thương Xót khác với Kinh Tin Kính mở đầu Chuỗi Kinh Mân Côi. Ở chỗ, nơi Chuỗi Kinh Mân Côi: vì trọng tâm của Chuỗi Kinh Mân Côi là Chúa Kitô nên Kinh Tin Kính mở đầu cho Chuỗi Kinh Mân Côi liên quan đến Chúa Kitô, đến các Mầu Nhiệm Mân Côi, Mầu Nhiệm về Chúa Kitô. Chúa Kitô nhập thể (mùa vui), Chúa Kitô khổ giá (mùa thương) và Chúa Kitô phục sinh (mùa mừng). Kinh Lạy Cha ngay sau Kinh Tin Kính ở phần đầu của Chuỗi Kinh Mân Côi, theo chiều hướng Chúa Kitô trọng tâm, có nghĩa là Chúa Kitô đến hoàn toàn để làm trọn ý Cha dưới đất cũng như trên trời. Ba Kinh Kính Mừng sau Kinh Tin Kính và Kinh Lạy Cha trong phần mở đâu Chuỗi Kinh Mân Côi có ý chỉ về vai trò của Mẹ Maria trong Mầu Nhiệm Chúa Kitô: Vai trò Mẹ Thiên Chúa Trinh Nguyên trong mầu nhiệm nhập thể, vai trò Mẹ Đồng Công Cứu Chuộc trong mầu nhiệm khổ giá, và vai trò Mẹ Mông Triệu Nữ Vương trong mầu nhiệm phục sinh. Kinh Sáng Danh cuối cùng trong phần mở đầu của Chuỗi Kinh Mân Côi chất chứa ý hướng là nhờ công cuộc cứu chuộc của Chúa Kitô, với sự cộng tác của Mẹ Người, mà loài người được hiệp thông thần linh với Thiên Chúa duy nhất là Cha và Con và Thánh Thần, đúng như chủ đích của Vị Thiên Chúa Hóa Công dựng nên loài người theo hình ảnh và tương tự như Ngài.

Vì Chúa Cha là trọng tâm của Chuỗi Kinh Thương Xót mà Kinh Tin Kính ở cuối phần mở đầu chuỗi kinh này trực tiếp liên quan đến Chúa Cha, hơn là đến Chúa Kitô như ở phần mở đầu của Chuỗi Kinh Mân Côi. Tất cả những gì chất chứa ở Kinh Tin Kính trong phần mở đầu của Chuỗi Kinh Thương Xót liên quan đến việc tạo dựng, cứu chuộc, thánh hóa và cánh chung đều cho thấy Lòng Thương Xót Chúa, một Lòng Thương Xót đã bày tỏ hay tỏ hiện đến tột đỉnh nơi Lời Nhập Thể Vượt Qua là Chúa Giêsu Kitô. Bởi thế, phần rỗi của chung nhân loại và của riêng từng linh hồn thì vô cùng cao quí như công nghiệp vô giá của Chúa Kitô: "vì cuộc khổ nạn đau thương của Chúa Giêsu Kitô, xin Cha thương xót chúng con và toàn thế giới". Thật ra Thiên Chúa vô cùng yêu thương nhân loại yếu hèn tội lỗi không cần chúng ta cứ phải dâng lên Ngài "mình và máu, linh hồn và thiên tính của Chúa Giêsu Kitô Con rất yêu dấu Cha", thì Ngài mới "thương đến chúng con và toàn thế giới". Ngài đã thương nhân loại ngay từ ban đầu và cho đến tận cùng.

Sở dĩ Ngài cần chúng ta liên lỉ dâng lên Ngài và nhắc nhở Ngài về công nghiệp của Con Ngài là vì Ngài muốn cho chúng ta được thông dự vào công cuộc cứu chuộc với Con của Ngài, Ngài muốn qua chúng ta và nhờ chúng ta mà cứu lấy chính chúng ta và toàn thế giới. Vì mỗi lần chúng ta lần chung Chuỗi Kinh Thương Xót và đọc từng chục kinh của chuỗi này là chúng ta tỏ lòng tin tưởng vào Lòng Thương Xót của Ngài thay cho hay bù cho "những linh hồn cần đến lòng thương xót Chúa hơn".

Điểm chính yếu khác nhau thứ bốn giữa Chuỗi Kinh Mân Côi và Chuỗi Kinh Thương Xót đó là về phụng vụ của hai chuỗi kinh này. Anh Tĩnh đã tiếp tục suy diễn như thế này:

Thật ra, hai chuỗi kinh này, Chuỗi Kinh Mân Côi và Chuỗi Kinh Thương Xót, cho dù phổ thông đến đâu chăng nữa, và chất chứa một ý nghĩa sâu xa tuyệt vời đến mấy chăng nữa, tự bản chất, cả hai chuỗi kinh này không phải là loại kinh phụng vụ, như các kinh thuộc giờ kinh thần vụ của Giáo Hội. Tuy nhiên, cả hai chuỗi kinh này đều hướng về Phụng Vụ, giúp sống Phụng Vụ vì mang một ý nghĩa Phụng Vụ ở một khía cạnh nào đó. Đúng thế, nếu Phụng Vụ Thánh Thể có hai phần chính là phần phụng vụ lời Chúa và phần phụng vụ Thánh Thể, thì chúng ta có thể áp dụng ở một khía cạnh nào đó Chuỗi Kinh Mân Côi với phần phụng vụ lời Chúa và Chuỗi Kinh Thương Xót với phần phụng vụ Thánh Thể. Ở chỗ nào?

Này nhé, nếu Chuỗi Kinh Mân Côi lấy Chúa Kitô làm trọng tâm và tác động chính yếu của Chuỗi Kinh Mân Côi nơi Kitô hữu là chiêm ngắm Mầu Nhiệm Chúa Kitô, thì tác động chiêm ngắm này rất hợp với phần phụng vụ lời Chúa là phần giúp cho cộng đồng dân Chúa đang tham dự Thánh Lễ có thể chiêm ngắm những gì liên quan tới Chúa Kitô qua các bài đọc Thánh Kinh trước khi tiến sang phần phụng vụ Thánh Thể. Và nếu Chuỗi Kinh Thương Xót lấy Chúa Cha làm trọng tâm và tác động chính yếu của Chuỗi Kinh Thương Xót này là việc hiến dâng Chúa Kitô lên Chúa Cha, thì tác động hiến dâng này rất hợp với phần phụng vụ Thánh Thể, bao gồm cả phần dâng lễ lẫn hiến tế.

Đó là lý do, hằng ngày nên thực hiện cả hai chuỗi, không nên bỏ chuỗi này đọc chuỗi kia, vì ngắn hơn hay vì hay hơn hoặc hợp hơn đối với cá nhân mình, vì nếu đọc cả Chuỗi Kinh Mân Côi và Chuỗi Kinh Thương Xót thì cả hai sẽ trở thành như cách thức để dọn mình dâng lễ, nếu có thói quen dự lễ hằng ngày, hay để thay cho thánh lễ, nếu không thể dự lễ hôm đó, và để tiếp tục sống Thánh Lễ một cách liên tục trong đời sống nội tâm cầu nguyện và tông đồ hằng ngày của mình.

Điểm chính yếu khác nhau thứ năm giữa Chuỗi Kinh Mân Côi và Chuỗi Kinh Thương Xót đó là về tác dụng của hai chuỗi kinh này. Theo tài liệu nghiên cứu, anh Tĩnh đã chia sẻ:

Trước hết, tự bản chất thì hai chuỗi kinh này, Chuỗi Kinh Mân Côi và Chuỗi Kinh Thương Xót, đều là tác động cầu nguyện, nên đều mang lại lợi ích thiêng liêng trước hết cho chính những ai thực hiện hai chuỗi này một cách ý thức. Tuy nhiên, ngoài lợi ích thiêng liêng mang lại cho bản thân của chính tác nhân cầu nguyện bằng hai chuỗi kinh này, Chuỗi Kinh Mân Côi và Chuỗi Kinh Thương Xót có tác dụng một cách phổ quát và đại đồng có vẻ hơi khác nhau một chút, nếu căn cứ vào hai biến cố liên quan đến 2 chuỗi kinh này. Thật vậy, vì liên quan đến Biến Cố Thánh Mẫu Fatima năm 1917, Chuỗi Kinh Mân Côi có liên quan tới hòa bình thế giới, và vì liên quan tới Sứ Điệp Lòng Thương Xót Chúa, Chuỗi Kinh Thương Xót liên quan tới phần rỗi các linh hồn.

Chuỗi Kinh Mân Côi liên quan tới hòa bình thế giới, vì theo lịch sử, nhờ Kinh mân Côi, thế giới Kitô giáo Âu Châu đã thắng được quân Hồi giáo ở trận hải chiến Lepantô ngày 7/10/1571, một biến cố khiến cho Thánh Giáo Hoàng Piô V thiết lập Lễ Đức Bà Chiến Thắng - Our Lady of Victory từ đó, một tước hiệu về sau được đổi thành Đức Bà Mân Côi - Our Lady of Rosary, một tước hiệu Mẹ Maria đã tự xưng mình vào lần hiện ra cuối cùng ngày 13/10/1917 ở Fatima. Nếu Fatima ở đây là tên người con gái của giáo tổ Hồi giáo Mohammed, thì phải chăng, cho dù Nước Nga đã trở lại đúng như Mẹ Maria tiên báo ở cuối phần thứ hai Bí Mật Fatima, Biến Cố Thánh Mẫu Fatima vẫn không vì thế trở thành lỗi thời, trái lại, còn ứng nghiệm hơn bao giờ hết ở phần thứ ba Bí Mật Fatima, phần thị kiến cho thấy hình ảnh một đám lính sát hại đoàn người đang quì cầu nguyện dưới chân cây thập tự giá lớn ở trên một ngọn núi dốc đứng, trong đoàn người bị ám sát chết ấy có vị giám mục mặc áo trắng, vị giám mục được Đức Thánh Cha Gioan Phaolô II nghĩ rằng đó là bản thân ngài, vì khi ngài bị ám sát tại Quảng Trường Thánh Phêrô ngày 13/5/1981 cũng đang mặc áo trắng và tên sát thủ quốc tế bấy giờ là một tín đồ Hồi giáo tên Ali Agca. Như thế, nếu chiến tranh khủng bố toàn cầu được chính thức bắt đầu từ biến cố 911 ở Hoa Kỳ sau biến cố Nước Nga trở lại trước đó 10 năm (25/12/1991), thì Chuỗi Kinh Mân Côi càng cần hơn bao giờ hết cho hòa bình thế giới vậy.